Esta sección cuenta con la información de las siguientes casas y conventos: Cali, Chiquinquirá, Ibagué, Mariquita, Mérida, Muzo, Pamplona, Pasto, Popayán, Tocaima, Bogotá, Buga, Cartagena, Mompox, Pueblo Nuevo, Riohacha, San Cristóbal, Santa Marta, Sutamarchán, Tolú, Tunja, Valledupar y Villa de Leiva.

El contenido de los documentos de archivo de esta Sección puede ser resumido en las siguientes series y subseries, que son solamente un listado superficial del cuadro de clasificación que está en proceso de elaboración: pleitos (criminales, civiles y eclesiásticos), poderes (generales y especiales), certificados, visitas canónicas, cargos y oficios (nombramientos y renuncias), asignaciones, consultas, administración de bienes muebles e inmuebles (inventarios, compras, ventas, arrendamientos, permutas, desamortizaciones y donaciones), cofradías, capellanías, obras pías, disposiciones (del Prior Provincial, del Rey, del Maestro General, del Socio del Maestro General, del Gobierno de Colombia, del Prior Conventual, del Nuncio Apostólico y del Delegado Apostólico), informes (priorato, vida conventual, económicos), testamentarias, crónicas conventuales, nómina de los frailes, ajenos (escritos sobre conventos, listas de priores, peticiones de particulares, informes de obispos y arzobispos, reseñas y parroquias), contabilidad, impuestos, correspondencia de frailes, licencias, privilegios, ordenaciones, profesiones, testamentarias e ingresos y salidas de la orden.

La procedencia geográfica de la documentación que compone esta sección es de distintas parroquias de Colombia, en su mayoría presentes en la zona centro-oriental y nororiental del país (Cundinamarca, Boyacá, Santander, Tolima, Llanos Orientales y Venezuela), en la Costa Atlántica y algunas regiones del actual Cauca, Valle del Cauca y departamento de Nariño con extensiones a Ecuador.

El contenido de los documentos de archivo de esta Sección puede ser resumido en las siguientes series y subseries, que son solamente un listado superficial del cuadro de clasificación que está en proceso de elaboración: visitas pastorales, administración sacramental (bautismos, confirmaciones, matrimonios y defunciones), pleitos (criminales, civiles y eclesiásticos), libro de gobierno (disposiciones y privilegios), fundación de la parroquia, cargos y oficios (nombramientos, renuncias y absoluciones), correspondencia, informes (económicos, misas, diezmos y limosnas, jurisdicción parroquial, estado de la parroquia y mejoras), tesorería, instituciones relacionadas y/o administradas por la parroquia, administración de bienes muebles e inmuebles, censos y padrones, celebraciones parroquiales, licencias, párrocos (méritos y conducta, correspondencia, estipendios y nombramientos a cargos públicos), ajenos (Arquidiócesis, Diócesis, conventos, Real Audiencia, Gobierno Nacional, Curia Provincial), frailes y actas.

La procedencia geográfica de la documentación que compone esta Sección, es de distintos lugares de Colombia y el mundo en donde estuvieran ubicados los conventos, las casas, parroquias y frailes de la Orden, así como de particulares, funcionarios del Gobierno Nacional y religiosos del clero regular y secular que se comunicaban con el Prior Provincial.

El contenido de los documentos de archivo de esta sección puede ser resumido en las siguientes series y subseries, que son solamente un listado superficial del cuadro de clasificación que está en proceso de elaboración: formación (ordenaciones y profesiones), Consejos de Provincia (consultas y actas del consejo), Visitas generales (expediente de visita), Constituciones de la Provincia, Administración de bienes muebles e inmuebles (arrendamientos, compras, ventas, inventarios, mantenimientos y mejoras), instrumentos archivísticos y de control (libro de matrícula de los papeles del archivo, inventarios del archivo, libro de registro de los actos oficiales y actuaciones del Provincial), Contabilidad (libros de cuentas y de gasto extraordinario), Impuestos, Correspondencia del Provincial o del Vicario Provincial, Ajenos (Real Audiencia, Gobierno Nacional (República), Colegios y Universidades, Parroquias, Conventos, Arquidiócesis y Diócesis), Disposiciones (del Rey, de la Real Audiencia, del Provincial, de la Curia Generalicia, del Delegado Apostólico y del Nuncio Apostólico), Informes (al Rey, al Maestro General, Económicos y Misas), Capítulos Provinciales (expediente del capítulo), Pleitos (Eclesiásticos, Ejecutivos y Criminales) y Asuntos jurídicos (Peticiones, Poderes Generales o Especiales y Certificaciones).

Hay que agregar que en esta sección también encontramos documentos referentes a los frailes de la Orden: Correspondencia (Personal y Oficial), Formación (Ordenaciones, Profesiones e Ingresos a la Orden), Procesos canónicos (Retiros voluntarios, Disciplinarios, Reintegros y Expulsiones), Cargos y oficios (Nombramientos), Asignaciones, Estudios (Diplomas y Certificaciones), Licencias (Ausencia/Viaje, Extraordinarias, Publicación y Ministeriales), Visas, Salvoconductos, Permisos, Informes Secretos, Escritos, Testamentos, Desapropios de Bienes, Escrituras de compra-venta, Informes, Certificados Médicos y Vales.