Esta sección cuenta con la información de las siguientes casas y conventos: Cali, Chiquinquirá, Ibagué, Mariquita, Mérida, Muzo, Pamplona, Pasto, Popayán, Tocaima, Bogotá, Buga, Cartagena, Mompox, Pueblo Nuevo, Riohacha, San Cristóbal, Santa Marta, Sutamarchán, Tolú, Tunja, Valledupar y Villa de Leiva.

El contenido de los documentos de archivo de esta Sección puede ser resumido en las siguientes series y subseries, que son solamente un listado superficial del cuadro de clasificación que está en proceso de elaboración: pleitos (criminales, civiles y eclesiásticos), poderes (generales y especiales), certificados, visitas canónicas, cargos y oficios (nombramientos y renuncias), asignaciones, consultas, administración de bienes muebles e inmuebles (inventarios, compras, ventas, arrendamientos, permutas, desamortizaciones y donaciones), cofradías, capellanías, obras pías, disposiciones (del Prior Provincial, del Rey, del Maestro General, del Socio del Maestro General, del Gobierno de Colombia, del Prior Conventual, del Nuncio Apostólico y del Delegado Apostólico), informes (priorato, vida conventual, económicos), testamentarias, crónicas conventuales, nómina de los frailes, ajenos (escritos sobre conventos, listas de priores, peticiones de particulares, informes de obispos y arzobispos, reseñas y parroquias), contabilidad, impuestos, correspondencia de frailes, licencias, privilegios, ordenaciones, profesiones, testamentarias e ingresos y salidas de la orden.

La procedencia geográfica de la documentación que compone esta sección es de distintas parroquias de Colombia, en su mayoría presentes en la zona centro-oriental y nororiental del país (Cundinamarca, Boyacá, Santander, Tolima, Llanos Orientales y Venezuela), en la Costa Atlántica y algunas regiones del actual Cauca, Valle del Cauca y departamento de Nariño con extensiones a Ecuador.

El contenido de los documentos de archivo de esta Sección puede ser resumido en las siguientes series y subseries, que son solamente un listado superficial del cuadro de clasificación que está en proceso de elaboración: visitas pastorales, administración sacramental (bautismos, confirmaciones, matrimonios y defunciones), pleitos (criminales, civiles y eclesiásticos), libro de gobierno (disposiciones y privilegios), fundación de la parroquia, cargos y oficios (nombramientos, renuncias y absoluciones), correspondencia, informes (económicos, misas, diezmos y limosnas, jurisdicción parroquial, estado de la parroquia y mejoras), tesorería, instituciones relacionadas y/o administradas por la parroquia, administración de bienes muebles e inmuebles, censos y padrones, celebraciones parroquiales, licencias, párrocos (méritos y conducta, correspondencia, estipendios y nombramientos a cargos públicos), ajenos (Arquidiócesis, Diócesis, conventos, Real Audiencia, Gobierno Nacional, Curia Provincial), frailes y actas.

La procedencia geográfica de la documentación que compone esta Sección, es de distintos lugares de Colombia y el mundo en donde estuvieran ubicados los conventos, las casas, parroquias y frailes de la Orden, así como de particulares, funcionarios del Gobierno Nacional y religiosos del clero regular y secular que se comunicaban con el Prior Provincial.

El contenido de los documentos de archivo de esta sección puede ser resumido en las siguientes series y subseries, que son solamente un listado superficial del cuadro de clasificación que está en proceso de elaboración: formación (ordenaciones y profesiones), Consejos de Provincia (consultas y actas del consejo), Visitas generales (expediente de visita), Constituciones de la Provincia, Administración de bienes muebles e inmuebles (arrendamientos, compras, ventas, inventarios, mantenimientos y mejoras), instrumentos archivísticos y de control (libro de matrícula de los papeles del archivo, inventarios del archivo, libro de registro de los actos oficiales y actuaciones del Provincial), Contabilidad (libros de cuentas y de gasto extraordinario), Impuestos, Correspondencia del Provincial o del Vicario Provincial, Ajenos (Real Audiencia, Gobierno Nacional (República), Colegios y Universidades, Parroquias, Conventos, Arquidiócesis y Diócesis), Disposiciones (del Rey, de la Real Audiencia, del Provincial, de la Curia Generalicia, del Delegado Apostólico y del Nuncio Apostólico), Informes (al Rey, al Maestro General, Económicos y Misas), Capítulos Provinciales (expediente del capítulo), Pleitos (Eclesiásticos, Ejecutivos y Criminales) y Asuntos jurídicos (Peticiones, Poderes Generales o Especiales y Certificaciones).

Hay que agregar que en esta sección también encontramos documentos referentes a los frailes de la Orden: Correspondencia (Personal y Oficial), Formación (Ordenaciones, Profesiones e Ingresos a la Orden), Procesos canónicos (Retiros voluntarios, Disciplinarios, Reintegros y Expulsiones), Cargos y oficios (Nombramientos), Asignaciones, Estudios (Diplomas y Certificaciones), Licencias (Ausencia/Viaje, Extraordinarias, Publicación y Ministeriales), Visas, Salvoconductos, Permisos, Informes Secretos, Escritos, Testamentos, Desapropios de Bienes, Escrituras de compra-venta, Informes, Certificados Médicos y Vales.   

Hay una subsección denominada Colegios Varios, que contiene las siguientes instituciones: Colegio San Bartolomé, Colegio Sagrado Corazón de Jesús (Chiquinquirá-Villa de Leiva), Escuela Superior de Niñas (Villa de Leiva), Escuela Rural (Villa de Leiva), Escuela Rural de Cane, Escuela de Varones (Villa de Leiva), Universidad de Valladolid, Colegio Nacional (Chiquinquirá), Universidad Central, Colegio de Boyacá, Colegio de San Antonio de Padua, Colegio Doctor San Buenaventura, Colegio San Juan Nepomuceno, Colegio Seminario del Sagrado Corazón de Jesús (Diócesis de Antioquia), Colegio Nacional (Bogotá), Escuela de Cristo, Escuela Rural de la Vereda del Salitre, Seminario Conciliar, Universidad del Primer Distrito de Bogotá, Escuela de Ricaurte, Colegio de la Compañía de Jesús de Tunja, Universidad Católica, Colegio de Nuestra Señora de Lourdes, Escuela Rural de la vereda del Salitre y el Colegio de la Compañía de Jesús de Pamplona.

Los tipos documentales que posee esta sección son los siguientes: nombramientos (de rectores, vice-rectores, maestro de estudiantes, examinadores, lectores de cátedra y de profesores), asignaciones de frailes, presupuestos, inventarios (de bienes muebles, inmuebles y de alhajas), informes (económicos, secretos de estudiantes, del estado del colegio/universidad y de rectorado), correspondencia oficial (de frailes al Provincial informándole cuestiones administrativas de las entidades), reglamentos del colegio/universidad, estatutos del colegio/universidad, planes generales de estudios del colegio/universidad, distribución de clases a los profesores, folletos publicitarios, adquisición o enajenación de bienes inmuebles o muebles (escrituras de compra-venta, de donación, de arrendamientos y de acuerdos), certificados de estudios (de estudiantes y de noviciado), disposiciones para el colegio/universidad, libros de contabilidad (cargo y data, deudas, de los alumnos internos y externos, cuentas, de gastos, de construcción y becas de alumnos), recibos de pago, facturas, notas finales de los estudiantes, ingresos, reintegros y salidas de estudiantes, escritos sobre el colegio/universidad (crónicas, revistas e históricos), libros de matrículas de estudiantes, pleitos jurídicos, visitas al colegio/universidad, recortes de periódicos, programas de los certámenes que los estudiantes defendieron en exámenes públicos, programas de los ejercicios espirituales, documentación al inspector local (invitaciones a los certámenes públicos, solicitudes y disposiciones), diplomas de títulos de grado y honoríficos de estudiantes, certificados de matrículas y de grados de estudiantes, peticiones de permanencia, fundaciones (peticiones y actas de fundación), actas de las juntas directivas, contratos de mejoras, escritos de disertaciones, oposiciones de cátedra y discursos de graduaciones, entre otras.