Los misioneros dominicos llegaron a Santa Marta en 1528 designados a acompañar al Gobernador Pedro García de Lerma, fundando en marzo de 1529 el primer convento de la Orden de Predicadores. Continuaron su expansión con la edificación de los conventos de Cartagena (1539), Tocaima (1544) y Vélez (1547). Según Fray Alonso de Zamora O.P., citado por Fray Alberto Ariza O.P. en su texto Los Dominicos en Colombia, durante el año del asentamiento del último convento nombrado, Fray José de Robles O.P. viajó a Roma para reunirse con el Maestro General de la Orden, Fray Francisco Romeo O.P. y pedir la creación de la Congregación Dominicana del Nuevo Reino de Granada, que se cree, de acuerdo al autor nombrado, ya conformada como Provincia para el año 1551.

Sin embargo, hay otras versiones, como el estudio de Fray Miguel Ángel Medina O.P., que infiere la conformación de la Provincia en el territorio actual de Colombia, para el año 1566, fecha en la que se celebró el Capítulo en Tocaima. Estos dos argumentos son un ejemplo del desacuerdo entre los estudiosos de la temática. Por tanto, se deduce que la creación de la misma fue hacia la segunda mitad del siglo XVI.

Establecida o no la Provincia, para el año de 1550 se instauró el Convento Máximo en la ciudad de Santafé, llamado de Nuestra Señora del Rosario o de Santo Domingo. En él funcionó el actual Archivo Histórico de la Provincia de San Luis Bertrán de Colombia, que tenía anteriormente el nombre de Archivo de Provincia.

No se sabe con exactitud cuál era el funcionamiento y el objetivo de este archivo, pero se puede inferir que estaba destinado a recibir las trasferencias documentales de las casas y conventos de la mencionada provincia.

Llegado el siglo XIX, con la presidencia de Tomás Cipriano de Mosquera, se expide la Ley de Bienes de Desamortización de Manos Muertas (1861), lo que genera el cierre de las casas y conventos de la Orden de Predicadores y la supresión de la misma Provincia. Restaurada la Provincia en 1910, los documentos de archivo y libros antiguos que se lograron salvar de la desamortización fueron los que conformaron el Archivo de Provincia en el segundo piso del Convento Máximo en Bogotá. Luego de que el convento es demolido en 1939, se traslada a su nueva sede: el nuevo convento de Santo Domingo.

Su primera organización documental se empieza a gestionar con la Universidad Industrial de Santander por medio de un convenio firmado el 31 de agosto de 1991, que tenía como objetivo “catalogar el Archivo del Convento de Santo Domingo de Bogotá y revisar la obra historiográfica de fray Enrique Báez O.P., con los fines de poner al servicio de la Orden de Predicadores y de investigadores autorizados dos fuentes de información importantes para la historia eclesiástica y social de Colombia”. Con esta primera organización documental se estableció un primer bosquejo de sus primeros fondos y colecciones.

En mayo de 1998 se traslada el Archivo de la Provincia, o de Provincia, como antes se llamaba al Archivo Histórico, a la antigua Aula Capitular del convento. En ese mismo año se firma un convenio entre el Archivo General de la Nación y la Provincia de San Luis Bertrán de Colombia para que los primeros asesoraran en la organización documental y adecuación física del Archivo de Provincia en las instalaciones del convento.

El 29 de mayo de 1998, el Consejo de Provincia determina trasladar el Archivo de Provincia al Convento San Alberto Magno. El 29 de enero de 1999 se aprueba el proyecto de establecer un espacio físico para el archivo por parte del Consejo económico de la Provincia, empezándose a ejecutar este proyecto el 10 de mayo del mismo año y finalizando el 28 de septiembre.

El Archivo de Provincia abre sus puertas el 31 de marzo del año 2000 para que sus fondos sean consultados por los investigadores (al finalizar la Historia del Archivo Histórico podrás encontrar el video de presentación del mismo que se proyectó en su inauguración).

El 29 de septiembre de 2017 se cambia el nombre del archivo (Archivo de Provincia) a Archivo Histórico de la Provincia de San Luis Bertrán de Colombia y su finalidad: reunir, organizar/conservar y difundir/servir toda la documentación de archivo y colecciones que están en sus instalaciones que contengan valores secundarios para la investigación.

El 1 de agosto de 2018 el Archivo Histórico, con la aprobación del Consejo de Provincia, cambia el antiguo logo, que contenía la imagen de San Luis Bertrán, por un sello que diseñó en 1575 Fr. Alberto Pedrero O.P., Provincial de la orden, siendo modificado a finales del siglo XVIII. En dicho distintivo se aprecia a San Antonino de Florencia rodeado de la inscripción en latín Capite nobis quae parvulas quae demoliuntur vineas, tomado del Cantar de los Cantares (Cant 2, 15) que traduce: cojamos las zorras pequeñas que echan a perder las viñas. Con base al anterior apuntamiento, el significado del sello es, la protección que ejercen los Frailes Dominicos, representados por los perros, sobre los viñedos de Dios, al espantar con fuego a las zorras, que escenifican cualquier agresión en contra de la Iglesia Católica.

Actualmente se está inventariando la documentación perteneciente al Fondo San Antonino, conformado por las Secciones de Conventos, Parroquias, Curia Provincial, Colegios y Universidades y Misiones. Este proceso ha finalizado ya en las tres primeras secciones nombradas y se encuentra en la cuarta (Colegios y Universidades). 

Por otra parte, se está catalogando, con apoyo de la Universidad Santo Tomás, la biblioteca moderna para que pueda ser consultada por los usuarios.

El Archivo Histórico busca reorganizar (clasificar, ordenar y describir) sus fondos documentales actuales y organizar el Fondo Acumulado siguiendo los parámetros de la ciencia archivística moderna. También se planea poner a disposición el material de la biblioteca antigua y moderna cuando se termine los procesos de conservación, restauración, descripción, clasificación y catalogación. Además, busca conformar más fondos y colecciones que reflejen la actual documentación de archivo y bibliográfica para que pueda ser consultada por los usuarios.